Heilbad Heiligenstadt liegt im nordwestlichen Teil Thüringens und grenzt an Hessen und Niedersachsen. Funde aus der Eisenzeit im unteren Geisledetal (keltisches Hockergrab) belegen, das am Zusammenfluss der Geislede und der Leine schon in der Vorzeit Menschen gesiedelt hatten. Ausgrabungen auf dem Stiftsberg zeigen, das um 700 eine Königspfalz bestanden hatte. 150 Jahre später wurde die Urkirche des Eichsfeldes, die Martinskirche, errichtet. Der erste Bau bestand aus Holz. Die Kaiserpfalz ging wohl später in den Besitz des Mainzer Erzbischofs über, der hier ein Chorherrenstift gründete.

Der Ort wurde im Jahre 973 zum ersten Mal in einer Urkunde Otto II. erwähnt. Verschiedene Kaiser urkundeten hier, darunter Otto III., Heinrich II. auch Friedrich I. Barbarossa. Um 1000 war Heiligenstadt bereits zum Marktflecken gewachsen. 1227 erhob der Erzbischof und Kurfürst Siegfried II. den Ort zur Stadt. Im Jahre 1304 wurde mit dem Bau der heutigen Martinskirche begonnen. 1333 vernichtete der erste Stadtbrand den Großteil der Stadt.

Um 1400 wurden die Marien- und Ägidienkirche errichtet. Im Mai 1525 zog das Bauernheer mit Thomas Müntzer in die Stadt ein. Das Heer lagerte im heutigen Kurpark, der damaligen Ochsenwiese. Nach der Predigt Müntzers vor der Marienkirche wurde das Stift auf dem Berge gestürmt und geplündert. 1574 wurde während der Gegenreform das Jesuitenkolleg gegründet. Der Katholizismus hielt im Eichsfeld wieder Einzug. 1575 lebten noch 12 katholische Familien in Heiligenstadt.

1611 starben an der Pest 600 Heiligenstädter, 1682 waren es 1000.

Der 30jährige Krieg brachte mit seine Plünderungen und Durchzügen viel Elend und Leid in das Eichsfeld. 75 Prozent der Bevölkerung starben. Um 1730 baute Bauer Hartung aus Heiligenstadt die ersten Kartoffeln an. 1739 zerstörte der zweite Stadtbrand über 400 der 600 Häuser der Stadt.

1802 kommt Heiligenstadt an Preußen, 1806 wird das Eichsfeld nach der Schlacht bei Jena an das Königreich Westfalen angegliedert. Heiligenstadt wird Hauptstadt des Harzdepartements. 1813 endete die napoleonische Besetzung. Nach 1945 wurde das Eichsfeld Thüringen zugeordnet. Seit 1950 führt die Stadt die Bezeichnung “Heilbad”.